Bác sĩ Daimon Kazamatsuri và Giichi Onizuka là hai nhà di truyền học, nghiên cứu các phương pháp chữa trị các bệnh như AIDS và ung thư bằng cách thực hiện các thí nghiệm để biến đổi gen của con người. Đối tượng thử nghiệm, Shin Kazamatsuri là con trai của bác sĩ Kazamatsuri. Hoạt động của họ được tài trợ bởi một nhóm những người có kế hoạch sử dụng nghiên cứu cho lợi ích riêng của họ. Các bác sĩ trước đây đã không thành công với các thí nghiệm trên cyborg. Tuy nhiên, họ không biết về tham vọng bí mật của Onizuka: anh ta muốn tạo ra một chiến binh mới bằng cách hợp nhất DNA của châu chấu vào các đối tượng thử nghiệm. Đồng thời anh ta đã tự mình thử nghiệm trên cơ thể mình và biến mình thành Onizuka Rider/Transformed Onizuka. Cũng trong lúc đó nghiên cứu trên cơ thể Shin Kazamatsuri thành công và biến anh thành Kamen Rider Shin.

Bị ám ảnh bởi những cơn ác mộng kinh hoàng dường như quá thực tế và đang phải vật lộn để duy trì một số tính chất bình thường trong cuộc sống của mình, anh ta đấu tranh để khám phá âm mưu dệt quanh mình khi cuộc sống của anh sụp đổ. Với nỗi sợ hãi và sợ hãi làm giảm quyết tâm của mình, anh quay sang một vài người bạn và gia đình anh đã rời đi để an ủi, không hoàn toàn hiểu được mối nguy hiểm mà họ gặp phải khi tham gia.

Mặc dù anh ta đã vượt qua những kẻ thù phản bội và học cách kiểm soát hình dạng đột biến của mình, cuối cùng anh ta đã bước đi trên con đường cay đắng mà tất cả các kỵ sĩ chân chính đi theo, một con đường ôm lấy sự cô lập và đánh mất hạnh phúc của chính mình. Để tránh xa con người cũ của mình, anh ta mất bạn bè, gia đình và một số đồng minh còn lại đã giúp anh ta thoát khỏi sự nắm bắt của Syndicate. Cuối cùng, chính sự quyết tâm và ý thức mạnh mẽ về công lý của anh ấy đã giúp anh ấy tiếp tục.

Với cái chết của bạn gái, Ai Asuka, Shin cuối cùng cũng tự xóa tan nghi ngờ của mình và quyết tâm tiêu diệt Syndicate bằng sức mạnh của mình. Sau cuộc đối đầu với nhà khoa học bắn Ai, Shin đến bên cô trong những giây phút cuối cùng và với hơi thở hấp hối, cô cầu xin Shin hãy chăm sóc đứa con của họ, người vẫn còn sống do thừa hưởng khả năng đột biến của Shin.

Trong khi đó, một sinh vật đang rình rập trong thành phố để giết người. Shin tin rằng anh ta là người đã gây ra vụ giết người, nhưng cuối cùng anh ta phát hiện ra kế hoạch của Onizuka. Onizuka đã tự thử nghiệm và thay đổi gen của mình. Thần giao cách cảm cho phép anh giao tiếp với Shin, khiến Shin trở thành nhân chứng cho những vụ giết người.

Trong trận đấu cuối cùng với Goushima, Shin đã chiến thắng và kết liễu anh ta bằng một cú dứt điểm tàn bạo dã man. Khi cyborg cố gắng thực hiện một đòn tấn công bất ngờ cuối cùng thông qua một quả bom ẩn trong đầu, Shin ném cái đầu sang một bên và tránh được vụ nổ chí mạng.

Một nhân viên CIA theo dõi Shin và muốn tiêu diệt anh ta, vì không ai biết mối đe dọa thực sự mà Shin có thể gây ra.